市販で売ってる殺菌作用のある洗口剤は効果ありますか？

効果はあります。
ただし、歯に汚れが付いた状態での使用はあまり効果的ではありません。
細菌はお口の中でバリヤを張る性質があるので、その上からでは効かないのです。ハブラシでしっかり汚れを落としてからご使用下さい。